スーパーコンピュータ関連

本ページは名古屋大学情報基盤センターの大型計算機に関する内容を記述してあります. おもに, スパコンで使用するコマンド名やその使い方について説明します. 名古屋大学の大型計算機の詳細に関しては, こちら を参照してください (マニュアルもあります).

システム

  • FX100 (FX10 の後継)
  • CX400 (hx600 の後継)
  • UV (大規模メモリ計算機)

接続先

いずれも接続方法は公開鍵認証.

  • FX100 : fx.cc.nagoya-u.ac.jp
  • CX400 : cx.cc.nagoya-u.ac.jp
  • UV : uvf.cc.nagoya-u.ac.jp
    • UV システムは uvf がログインノード, uv が計算ノードとなっており, ジョブ投入等の作業は全て, uv にログインして行う.

ログインまで

  • ssh コマンドを用いてログインする際は, 登録した公開鍵とペアで作成された秘密鍵を指定しなければならない.

    $ ssh -i ~/.ssh/id_rsa ???????@cx.cc.nagoya-u.ac.jp
    • scp の場合は以下,
    $ scp -i ~/.ssh/id_rsa [filename] ???????@cx.cc.nagoya-u.ac.jp:/dir/

SSH に関する注意

公開鍵認証

  • 計算機センターに接続する際は公開鍵を計算機センターのサーバに登録しなければならない.

  • 認証用鍵の作成 (Linux)

    $ ssh-keygen -t rsa

    鍵の保存先を入力し, 鍵のパスフレーズを入力.

    • デフォルトは ~/.ssh/id_rsa という名前で秘密鍵, ~/.ssh/id_rsa.pub という名前で公開鍵が作成される.

  • ssh コマンドを用いてログインする際は, 登録した公開鍵とペアで作成された秘密鍵を指定しなければならない.

    $ ssh -i ~/.ssh/id_rsa ???????@cx.cc.nagoya-u.ac.jp
    • scp の場合は以下,
    $ scp -i ~/.ssh/id_rsa [filename] ???????@cx.cc.nagoya-u.ac.jp:/dir/
  • UV システムは対外ホストからの接続はログインノード uvf が担い, uvf から計算ノード uv に接続する.
    • uvf への接続は fx, cx と同様.

    • uv への接続は, uvf にログインした状態で

      $ ssh uv

      を実行する. このログイン認証はパスワードで行う. このときのパスワードはセンターから通知されたパスワードあるいは, その後に各自で変更したパスワードになる.

ポート番号

  • 計算機センターのサーバから別サーバに ssh ログイン, scp 転送を行う場合, 計算機センターのサーバの ssh ポートがデフォルト 22 番で運用されていないため, 以下のように, 相手先のポート番号を陽に指定する必要がある. 以下は接続先が 22 番ポートで ssh を運用している場合である.

    $ ssh -p 22 hoge@fuga.org
$ scp -P 22 filename hoge@fuga.org:/dir

プログラムのコンパイルまで

各システムに用意されている Fortran コンパイラは異なっており, 適切なコンパイラでコンパイルすること.

コンパイラ

FX100

  • Fortran コンパイラ : frtpx, mpifrtpx (MPI 用).
    • いずれのコンパイラもクロスコンパイラ.
    • FX10 は計算ノードとログインノードで分かれており, ユーザーはログインノードでの作業となる.
    • FX100 のログインノードで frtpx を用いてコンパイルしたプログラムはログインノードで実行することはできない.

CX400

  • Fortran コンパイラ : frt, mpifrt (MPI 用), ifort, mpiifort (MPI 用)
    • ifort 系でプログラムのコンパイルを行う場合, デフォルトではパスが通っていないので, .bashrc に個別に設定する必要がある (後述).
    • 特に, MPI 並列計算を行う場合, デフォルトの mpiexec (mpirun) コマンドは Fujitsu Fortran 用のコマンドにパスが通っているため, Intel Fortran でコンパイルされたプログラムを用いてジョブを投入する場合は, 陽に bashrc 等に mpiexec のパスを指定しなければならない.

    • あるいは, 簡略化パスコマンドを実行する.

      $ intelset

UV

  • Fortran コンパイラ : ifort

    • cx と異なり, MPI ライブラリを使用するための専用コマンドは用意されておらず, ifort でコンパイル時に mpi ライブラリを陽に指定しなければならない. 

      $ ifort hoge.f90 -lmpi

注意すべきコンパイルオプション

  • Fujitsu Fortran
    • モジュールアクティブオプション "-Am" は必要ない.
    • エンディアン関連のオプションは実行時オプションとして指定できるので, コンパイル時には特に何も指定しない.

ジョブ投入用スクリプト例

以下のディレクトリにジョブ投入用スクリプトの例, CReSS のコンパイル用設定ファイルの例, bashrc の例を置いてあるので, 適宜参照されたい.

/large/z48035a/sample_job

以降, CReSS のコンパイル には, CReSS の実行までの具体的な流れを示しておきます.

コマンド一覧

詳しい解説は計算機センターのマニュアルか, man で確認して下さい.

  • charge
    • 現在の利用料金表示.
  • largedir
    • 名古屋大のシステムはユーザディレクトリに quota の設定がなされているため, 容量の大きなファイルは設置できない. そこで, "/" 以下に "large" というquota が設定されていない共有領域が別に存在している. 本コマンドは "large" 以下に自身の作業領域を作成するコマンドである.
  • pjstat
    • 現在のジョブ一覧表示コマンド.
    • オプション
      • -v : 詳細表示
  • pjsub
    • ジョブ投入コマンド.
  • pjdel [ジョブ番号]
    • ジョブ削除コマンド.
  • joblist
    • 最近 1 週間程度の課金履歴明細リスト.

旧システム

2013 年 8 月まで稼動していた情報基盤センターのスーパーコンピュータについては こちら

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